機構設置

黨群部門

• 黨委辦公室、機關黨委(合署)
• 黨委組織部、黨委統戰部、黨校、扶貧辦（合署）
• 黨委宣傳部、新聞中心（合署）（雲南中醫藥宣傳教育中心、社科聯辦公室）
• 紀委辦公室、監察室（合署）
• 黨委學工部、武裝部（合署）
• 黨委研工部
• 工會、女職工委員會（合署）
• 團委

行政部門

• 校長辦公室
• 人事處、職改辦（合署）
• 學生處
• 研究生處
• 教務處、教師發展中心（合署）
• 科技處（含科研實驗中心）
• 國際合作交流處、港澳台辦、國際教育學院（合署）
• 計劃財務處
• 資産處
• 審計處
• 新聞中心
• 保衛處
• 離退休工作處
• 基建處
• 成果轉化與社會服務辦公室
• 就业创业指导中心、校友會办公室（合署）

教學機構

• 基礎醫學院
• 中藥學院
• 護理學院
• 針灸推拿康複學院
• 人文與管理學院
• 民族醫藥學院、民族醫藥博物館（合署）
• 信息學院
• 馬克思主義學院
• 體育部
• 繼續教育学院、职业技术学院（合署）
• 臨床醫學院
• 國際合作交流處、港澳台辦、國際教育學院（合署）

教輔機構

• 高等教育研究評估中心、規劃發展辦公室（合署）
• 圖書館
• 學報編輯部
• 科研實驗中心
• 網絡信息中心
• 雲南省中醫藥民族醫藥博物館

保障機構

• 後勤服務集團
• 第二附屬醫院
• 校醫院

研究(學術)機構

• 雲南省傣醫藥與彜醫藥重點實驗室
• 雲南中醫藥大學中醫西學研究所
• 雲南民族醫藥保護與産業發展研究基地
• 雲南中醫藥大學民族醫藥研究發展中心